Los puertos de Sétubal y Sesimbra se localizan en áreas de elevada sensibilidad ecológica y valor para la conservación de la naturaleza: Parque Natural da Arrábida, Reserva Natural del Estuario del Sado y la Red Natura 2000. Una elevada parte del área sobre jurisdicción portuaria está constituida por zonas pantanosas y otro tipo de vegetación de elevado valor ecológico, estando, estas zonas, dedicadas exclusivamente a la conservación de la naturaleza. El mantenimiento del valor ecológico de estas áreas contribuye además para conservar el elevado valor paisajístico de la zona, pero también, para la reposición de los stocks de especies de interés comercial para el mantenimiento de la biodiversidad.

Encontramos habitats subacuáticos y terrestres para diversas especies protegidas de flora y fauna. Son ejemplos conocidos los flamengos, las nutrias , el roaz (una especie de Delfín) y diversas especies de aves de paso en su migración, que dependen del estuario para su supervivencia.

Estas características determinan inevitablemente la política ambiental seguida por la APSS, que se basa en las siguientes líneas orientadoras:

• Integrar objetivos ambientales en los procesos de ordenamiento, planeamiento y gestión portuaria en la utilización del dominio público marítimo,
• Promover la utilización racional de los recursos naturales,
• Hacer cumplir los requisitos legales aplicables en cada caso,
• Promover la realización de estudios de investigación científica que contribuyan a un mejor conocimiento del medio en el que se desenvuelve su actividad y que permite mejorar sus acciones ambientales.

• Colaborar con otras entidades y participación en iniciativas que contribuyan a la preservación del medio ambiente.
• Minimizar los riesgos y los impactos ambientales de las actividades desarrolladas.
• Efectuar la recalificación ambiental y el reordenamiento de las áreas bajo su jurisdicción.

Para minimizar los impactos ambientales de las actividades desarrolladas adquiere particular importancia el Programa de Monitorización asociado a los dragados, que incorpora las variantes siguientes:

• Monitorización de la batimetría
• Modelaje de los procesos hidro-dinámicos,
• Caracterización química de los sedimentos a dragar y caracterización química y de las comunidades biológicas en la zona en la que se efectúan las dragados y en las zonas en las que se efectúa la inmersión de los dragados

Proyecto Green Award
El puerto de Setúbal está integrado en el Proyecto Green Award, desde 2005, privilegiando barcos con elevados padrones de seguridad y eficiencia ambiental. Este proyecto tiene como base la atribución del certificado Green Award por una organización internacional independiente, radicada en Róterdam, a navíos que garanticen elevados padrones de seguridad y ambiente y, complementariamente, la atribución de facilidades portuarios a los barcos con este certificado. Un navío certificado es reconocido internacionalmente como uno de los “navíos más limpios y más seguros” por el hecho de estar asociados con conceptos como “tecnologías limpias” y baja probabilidad de que se presenten incidentes o de que ocurran accidentes.