El área de jurisdicción de la APSS, SA se distribuye por Setúbal y Sesimbra, incluyendo las siguientes zonas:

Puerto de Setúbal
Zona fluvial-marítima: Abarca desde el estuario del rio Sado, pasando por el faro de Outão y por el estuario de la Marateca hasta el canal de Alcácer do Sal.

Zona terrestre: En la margen derecha del rio Sado. Va desde el estuario de la Marteca hasta el canal de Alcácer do Sal, abarcando los muelles, docas , fondeaderos, terraplenes y todas las obras de abrigo o de protección existente que se construyan dentro del límite de la largura máxima legal en parte o en toda la extensión de la margen en el plan de ordenamiento y expansión del puerto.

En la margen izquierda del rio Sado. Va desde el canal de Alcácer do Sal hasta la barra, bordeando la península de Tróia, abarcando los muelles, las docas, el fondeadero, terraplenes y todas las obras de abrigo que vengan a construirse dentro del límite de la largura máxima legal en parte o en toda la extensión de la margen en el plan de ordenamiento y expansión del puerto.

Puerto de Sesimbra
La área de jurisdicción de la APSS en Sesimbra va desde la faja marginal del dominio público marítimo, comprendida entre el morro de Alcatraz y la conexión con el muelle exterior del puerto, con todos los muelles, fondeaderos y obras de abrigo y protección existentes o que vengan a ser construidas hasta el área mojada circunscrita por el muele exterior del puerto.